Shadow Empires memperkenalkan konsep baru dalam permainan - faksi. Pada awal permainan, pemain memilih puak mereka dan juga faksi. Terdapat 5 faksi. Setiap puak memulakan permainan dalam kedudukan yang berbeza di peta:

Empire – di pusat	Dynasty – di tenggara
Rebels – di barat laut	Horde – di timur
Marauders – di utara

Pada mulanya, pemain baru dari faksi tertentu akan bermula di wilayah yang sama. Setelah diisi, pemain yang lebih baru akan mula muncul di kawasan lain yang berdekatan, dan seterusnya. Itu tidak lagi bergantung pada tempat atau jarak dari pusat peta lagi.

Wilayah

Faksi tidak hanya menentukan kedudukan permulaan pemain, tetapi juga memperkenalkan tahap kerjasama baru antara pemain.

Wilayah sekarang ditakluki oleh faksi, bukan oleh persekutuan individu. Kedua-dua faksi dan persekutuan yang membantu menakluk wilayah memperoleh mata kemenangan. Namun, hanya satu persekutuan yang dapat mengakses kekuatan kuno di rantau ini. Lihat artikel mengenai wilayah dan kuasa kuno untuk maklumat lebih lanjut.

Pemain dan persekutuan dalam faksi

Pemain memilih faksi mereka pada awal permainan dan tidak dapat mengubah pemilihan ini.
Persekutuan tergolong dalam faksi pemain yang mengasaskan persekutuan itu. Ia juga tidak boleh diubah kemudian.

Namun, pemain bebas untuk bergabung dengan persekutuan yang mereka mahukan. Oleh itu, walaupun anda memulakan permainan bermain untuk Pemberontak, anda boleh bergabung dengan persekutuan milik Horde atau faksi lain.